Bioinformatica/2005-2006

Informazioni generali

Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.

=== Docenti === Giorgio Valentini, Giulio Pavesi

Orari delle lezioni

• Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
• Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)

in auletta 4 (via Comelico).

Orario di ricevimento studenti

Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it

Sito del corso

Alla pagina [1] è disponibile il programma del corso.

Materiale didattico

Pubblicato alle pagine [2] e [3]

Links utili

Wikipedia

Modalità d'esame

L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso. La frequenza non è obbligatoria.

Diario del corso

Lezione di Lunedì 3-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

• Introduzione al corso e informazioni generali
• Breve storia della biologia molecolare

Avviso: le lezioni di Lunedì 10 e Giovedì 13 sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [4]

Lezione di Giovedì 6-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

• Introduzione alla biologia molecolare
• proteine
• amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
• nucleotidi o basi (A, T, C, G)
• purine e piramidine
• N terminale e C terminale
• peptidi
• legami 5-3 tra nucleotidi
• senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
• sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
• DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
• RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
• organismi procarioti ed eucarioti
• triplette, codoni e anticodoni
• polimerasi
• trascrizione
• mRNA (RNA messaggero)
• traduzione
• ribosoma
• sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
• sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
• tRNA (RNA di trasferimento)
• ORF (Open Reading Frame)
• metionina e fenilalanina
• legame peptidico tra amminoacidi
• corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
• negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
• spliceosoma e splicing
• UTR (Untranslated region)
• esoni ed introni
• robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
• meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
• gene
• genoma
• diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
• poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
• proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
• se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
• se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
• la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
• una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
• la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili

Links utili comunicati a lezione: Wikipedia

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 20-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

• algoritmo di allineamento globale
• algoritmo di allineamento locale
• algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
• esempi di allineamenti di amminoacidi
• misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 3-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

• fattore di trascrizione
• sito di legame
• promotore di un gene
• probabilità di sequenza di 4 nucleotidi
  • modello indipendente
  • modelli indipendenti di I e II ordine
• enhancers e silencers
• allineamento locale con pattern matching

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Lunedì 14-11-05

• lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [5]

Lezione di Giovedì 17-11-05

• RNA e struttura secondaria
• RNA antisense
• Stem, loop, hairpin
• bulge, loop interno
• algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi

Lezione di Lunedì 21-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

• Ampia introduzione alla seconda parte del corso