Bioinformatica/2007-2008

Da WikiDsy.
Versione del 18 ott 2007 alle 14:00 di Shiffola (discussione | contributi) (Lezione di Lunedì 8-10-07)


Informazioni generali

Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.

Docenti

Giorgio Valentini, Giulio Pavesi

Orari delle lezioni

  • Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
  • Giovedì 12.30 - 14.30 (effettivo: 12.30 - 14.00)

in auletta 5 (via Comelico).

Materiale Didattico

Lezione di Giovedì 04-10-07

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione al corso e informazioni generali
  • Breve storia della biologia molecolare


Lezione di Lunedì 8-10-07

  • Introduzione alla biologia molecolare
  • proteine
  • amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
  • nucleotidi o basi (A, T, C, G)
  • purine e piramidine
  • N terminale e C terminale
  • peptidi
  • legami 5-3 tra nucleotidi
  • senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
  • sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
  • DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
  • RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
  • organismi procarioti ed eucarioti
  • triplette, codoni e anticodoni
  • polimerasi
  • trascrizione
  • mRNA (RNA messaggero)
  • traduzione
  • ribosoma
  • sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
  • sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
  • tRNA (RNA di trasferimento)
  • ORF (Open Reading Frame)
  • metionina e fenilalanina
  • legame peptidico tra amminoacidi
  • corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
  • negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
  • spliceosoma e splicing
  • UTR (Untranslated region)
  • esoni ed introni
  • robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
  • meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
  • gene
  • genoma
  • diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
  • poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
  • proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
  • la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
  • una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
  • la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili


Lezione di Giovedì 11-10-07

  • com'è codificata l'informazione
  • Basi dell'evoluzione delle specie, albero generazionale
  • teoria della somiglianza
  • browser genomico
  • ricostruzione sequenza di frammenti: processi shotgun
  • algoritmi di approssimazione
  • esempio confronti di sequenze: parole di lingue diverse
  • cenni di programmazione dinamica
  • algoritmo di allineamento globale

Lezione di Lunedì 15-10-07

  • terminologia
  • programmazione dinamica
  • algoritmo di allineamento globale
  • misura similarità
  • algoritmo Smith/Waterman (massimizzazione similarità)
  • algoritmo di allineamento locale
  • esempi di allineamenti di amminoacidi
  • matrici sostituzione di aminoacidi
  • sequenziazione tramite sovrapponibilità dei blocchi

Lezione di Giovedì 18-10-07

  • gap allineamento
  • allineamento locale con pattern matching