Differenze tra le versioni di "Bioinformatica/2005-2006"

Da WikiDsy.
 
 
(29 versioni intermedie di 13 utenti non mostrate)
Riga 1: Riga 1:
−
== Informazioni Generali ==
+
[[Categoria:Corsi 2005-2006]]
 +
<!-- non cancellare le righe precedenti -->
  
 +
== Informazioni generali ==
  
−
'''Bioinformatica''' è un corso complementare per lA laurea magistrale in Iformatica.
+
'''Bioinformatica''' è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.
  
−
Seguono alcune informazioni generali sul corso:
+
=== Docenti ===
  
−
'''Docenti''': Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
+
Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
  
−
'''Orari delle lezioni''':
+
=== Orari delle lezioni ===
  
−
Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
+
* Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
−
 
+
* Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)
−
Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: da stabilire)
 
  
 
in auletta 4 (via Comelico).
 
in auletta 4 (via Comelico).
  
−
'''Orario di ricevimento dei docenti''':
+
=== Orario di ricevimento studenti ===
  
 
Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it
 
Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it
  
−
'''Sito del corso''':
+
===Sito del corso ===
  
 
Alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/CorsoBioinformatica.htm] è disponibile il programma del corso.
 
Alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/CorsoBioinformatica.htm] è disponibile il programma del corso.
  
−
'''Materiale didattico''': da stabilire
+
=== Materiale didattico ===
 +
 
 +
Pubblicato alle pagine [http://homes.dico.unimi.it/~pavesi/Bioinformatica/index.html] e [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html]
 +
 
 +
=== Links utili ===
 +
 
 +
[http://www.wikipedia.org/ Wikipedia]
  
−
'''Modalità d'esame''': l’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso.
+
=== Modalità d'esame ===
  
 +
L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso.
 
La frequenza non è obbligatoria.
 
La frequenza non è obbligatoria.
 +
 +
== Diario del corso ==
 +
 +
=== Lezione di Lunedì 3-10-05 ===
 +
 +
'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
 +
 +
* Introduzione al corso e informazioni generali
 +
* Breve storia della biologia molecolare
 +
 +
'''Avviso''': le lezioni di '''Lunedì 10''' e '''Giovedì 13''' sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [http://protesta.di.uniroma1.it/twiki/view]
 +
 +
=== Lezione di Giovedì 6-10-05 ===
 +
 +
'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
 +
 +
* Introduzione alla biologia molecolare
 +
* proteine
 +
* amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
 +
* nucleotidi o basi (A, T, C, G)
 +
* purine e piramidine
 +
* N terminale e C terminale
 +
* peptidi
 +
* legami 5-3 tra nucleotidi
 +
* senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
 +
* sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
 +
* DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
 +
* RNA  (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
 +
* organismi procarioti ed eucarioti
 +
* triplette, codoni e anticodoni
 +
* polimerasi
 +
* trascrizione
 +
* mRNA (RNA messaggero)
 +
* traduzione
 +
* ribosoma
 +
* sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
 +
* sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
 +
* tRNA (RNA di trasferimento)
 +
* ORF (Open Reading Frame)
 +
* metionina e fenilalanina
 +
* legame peptidico tra amminoacidi
 +
* corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
 +
* negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
 +
* spliceosoma e splicing
 +
* UTR (Untranslated region)
 +
* esoni ed introni
 +
* robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
 +
* meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
 +
* gene
 +
* genoma
 +
* diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
 +
* poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
 +
* proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
 +
* se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
 +
* se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
 +
* la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
 +
* una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
 +
* la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili
 +
 +
Links utili comunicati a lezione: [http://www.wikipedia.org Wikipedia]
 +
 +
'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
 +
 +
=== Lezione di Giovedì 20-10-05 ===
 +
 +
'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
 +
 +
* algoritmo di allineamento globale
 +
* algoritmo di allineamento locale
 +
* algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
 +
* esempi di allineamenti di amminoacidi
 +
* misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM
 +
 +
'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
 +
 +
=== Lezione di Giovedì 3-11-05 ===
 +
 +
'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
 +
 +
* fattore di trascrizione
 +
* sito di legame
 +
* promotore di un gene
 +
* probabilità di sequenza di 4 nucleotidi
 +
** modello indipendente
 +
** modelli indipendenti di I e II ordine
 +
* enhancers e silencers
 +
* allineamento locale con pattern matching
 +
 +
'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
 +
 +
=== Lezione di Lunedì 14-11-05 ===
 +
 +
* lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [http://genome.ucsc.edu/]
 +
 +
=== Lezione di Giovedì 17-11-05 ===
 +
 +
* RNA e struttura secondaria
 +
* RNA antisense
 +
* Stem, loop, hairpin
 +
* bulge, loop interno
 +
* algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi
 +
 +
=== Lezione di Lunedì 21-11-05 ===
 +
 +
'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
 +
 +
* Ampia introduzione alla seconda parte del corso
 +
 +
=== Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti ===
 +
 +
Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html]

Versione attuale delle 09:25, 26 lug 2006


Informazioni generali

Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.

Docenti

Giorgio Valentini, Giulio Pavesi

Orari delle lezioni

  • Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
  • Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)

in auletta 4 (via Comelico).

Orario di ricevimento studenti

Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it

Sito del corso

Alla pagina [1] è disponibile il programma del corso.

Materiale didattico

Pubblicato alle pagine [2] e [3]

Links utili

Wikipedia

Modalità d'esame

L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso. La frequenza non è obbligatoria.

Diario del corso

Lezione di Lunedì 3-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione al corso e informazioni generali
  • Breve storia della biologia molecolare

Avviso: le lezioni di Lunedì 10 e Giovedì 13 sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [4]

Lezione di Giovedì 6-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione alla biologia molecolare
  • proteine
  • amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
  • nucleotidi o basi (A, T, C, G)
  • purine e piramidine
  • N terminale e C terminale
  • peptidi
  • legami 5-3 tra nucleotidi
  • senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
  • sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
  • DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
  • RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
  • organismi procarioti ed eucarioti
  • triplette, codoni e anticodoni
  • polimerasi
  • trascrizione
  • mRNA (RNA messaggero)
  • traduzione
  • ribosoma
  • sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
  • sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
  • tRNA (RNA di trasferimento)
  • ORF (Open Reading Frame)
  • metionina e fenilalanina
  • legame peptidico tra amminoacidi
  • corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
  • negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
  • spliceosoma e splicing
  • UTR (Untranslated region)
  • esoni ed introni
  • robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
  • meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
  • gene
  • genoma
  • diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
  • poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
  • proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
  • la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
  • una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
  • la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili

Links utili comunicati a lezione: Wikipedia

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 20-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • algoritmo di allineamento globale
  • algoritmo di allineamento locale
  • algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
  • esempi di allineamenti di amminoacidi
  • misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 3-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • fattore di trascrizione
  • sito di legame
  • promotore di un gene
  • probabilità di sequenza di 4 nucleotidi
    • modello indipendente
    • modelli indipendenti di I e II ordine
  • enhancers e silencers
  • allineamento locale con pattern matching

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Lunedì 14-11-05

  • lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [5]

Lezione di Giovedì 17-11-05

  • RNA e struttura secondaria
  • RNA antisense
  • Stem, loop, hairpin
  • bulge, loop interno
  • algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi

Lezione di Lunedì 21-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Ampia introduzione alla seconda parte del corso

Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti

Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [6]

Estratto da "https://wiki.dsy.it/index.php?title=Bioinformatica/2005-2006&oldid=14588"