Differenze tra le versioni di "Bioinformatica/2007-2008"

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* Breve storia della biologia molecolare
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* Introduzione alla biologia molecolare
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* proteine
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* amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
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* nucleotidi o basi (A, T, C, G)
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* purine e piramidine
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* N terminale e C terminale
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* peptidi
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* legami 5-3 tra nucleotidi
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* senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
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* sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
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* DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
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* RNA  (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
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* organismi procarioti ed eucarioti
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* triplette, codoni e anticodoni
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* polimerasi
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* trascrizione
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* mRNA (RNA messaggero)
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* traduzione
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* ribosoma
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* sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
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* sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
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* tRNA (RNA di trasferimento)
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* ORF (Open Reading Frame)
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* metionina e fenilalanina
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* legame peptidico tra amminoacidi
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* corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
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* negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
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* spliceosoma e splicing
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* UTR (Untranslated region)
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* esoni ed introni
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* robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
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* meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
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* gene
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* genoma
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* diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
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* poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
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* proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
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* se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
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* se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
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* la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
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* una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
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* la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili
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*[http://159.149.109.11/beacon/Didattica/bioinformatica/info.ppt materiale:]
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* com'è codificata l'informazione
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* Basi dell'evoluzione delle specie, albero generazionale
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* teoria della somiglianza
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* browser genomico
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* ricostruzione sequenza di frammenti: processi shotgun
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* algoritmi di approssimazione
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* esempio confronti di sequenze: parole di lingue diverse
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* cenni di programmazione dinamica
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* algoritmo di allineamento globale
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* [http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/cycseq.html sequenziazione DNA]
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* [http://159.149.109.11/beacon/Didattica/bioinformatica/lec02.pdf Appunti sulla programmazione dinamica per allineare 2 sequenze]
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=== Lezione di Lunedì 15-10-07 ===
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* terminologia
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* programmazione dinamica
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* algoritmo di allineamento globale
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* misura similarità
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* algoritmo Smith/Waterman (massimizzazione similarità)
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* algoritmo di allineamento locale
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* esempi di allineamenti di amminoacidi
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* matrici sostituzione di aminoacidi
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* sequenziazione tramite sovrapponibilità dei blocchi
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=== Lezione di Giovedì 18-10-07 ===
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* gap allineamento
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* allineamento locale con pattern matching

Versione attuale delle 14:01, 18 ott 2007


Informazioni generali

Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.

Docenti

Giorgio Valentini, Giulio Pavesi

Orari delle lezioni

  • Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
  • Giovedì 12.30 - 14.30 (effettivo: 12.30 - 14.00)

in auletta 5 (via Comelico).

Materiale Didattico

Lezione di Giovedì 04-10-07

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione al corso e informazioni generali
  • Breve storia della biologia molecolare


Lezione di Lunedì 8-10-07

  • Introduzione alla biologia molecolare
  • proteine
  • amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
  • nucleotidi o basi (A, T, C, G)
  • purine e piramidine
  • N terminale e C terminale
  • peptidi
  • legami 5-3 tra nucleotidi
  • senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
  • sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
  • DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
  • RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
  • organismi procarioti ed eucarioti
  • triplette, codoni e anticodoni
  • polimerasi
  • trascrizione
  • mRNA (RNA messaggero)
  • traduzione
  • ribosoma
  • sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
  • sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
  • tRNA (RNA di trasferimento)
  • ORF (Open Reading Frame)
  • metionina e fenilalanina
  • legame peptidico tra amminoacidi
  • corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
  • negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
  • spliceosoma e splicing
  • UTR (Untranslated region)
  • esoni ed introni
  • robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
  • meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
  • gene
  • genoma
  • diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
  • poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
  • proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
  • la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
  • una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
  • la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili


Lezione di Giovedì 11-10-07

  • com'è codificata l'informazione
  • Basi dell'evoluzione delle specie, albero generazionale
  • teoria della somiglianza
  • browser genomico
  • ricostruzione sequenza di frammenti: processi shotgun
  • algoritmi di approssimazione
  • esempio confronti di sequenze: parole di lingue diverse
  • cenni di programmazione dinamica
  • algoritmo di allineamento globale

Lezione di Lunedì 15-10-07

  • terminologia
  • programmazione dinamica
  • algoritmo di allineamento globale
  • misura similarità
  • algoritmo Smith/Waterman (massimizzazione similarità)
  • algoritmo di allineamento locale
  • esempi di allineamenti di amminoacidi
  • matrici sostituzione di aminoacidi
  • sequenziazione tramite sovrapponibilità dei blocchi

Lezione di Giovedì 18-10-07

  • gap allineamento
  • allineamento locale con pattern matching
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