Differenze tra le versioni di "Bioinformatica/2007-2008"
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=== Lezione di Giovedì 04-10-07 === | === Lezione di Giovedì 04-10-07 === | ||
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* Introduzione al corso e informazioni generali | * Introduzione al corso e informazioni generali | ||
* Breve storia della biologia molecolare | * Breve storia della biologia molecolare | ||
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| + | * Introduzione alla biologia molecolare | ||
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| + | * amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale) | ||
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| + | * peptidi | ||
| + | * legami 5-3 tra nucleotidi | ||
| + | * senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3') | ||
| + | * sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle) | ||
| + | * DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi) | ||
| + | * RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA) | ||
| + | * organismi procarioti ed eucarioti | ||
| + | * triplette, codoni e anticodoni | ||
| + | * polimerasi | ||
| + | * trascrizione | ||
| + | * mRNA (RNA messaggero) | ||
| + | * traduzione | ||
| + | * ribosoma | ||
| + | * sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start) | ||
| + | * sequenze di stop (TAA, TAG, TGA) | ||
| + | * tRNA (RNA di trasferimento) | ||
| + | * ORF (Open Reading Frame) | ||
| + | * metionina e fenilalanina | ||
| + | * legame peptidico tra amminoacidi | ||
| + | * corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi | ||
| + | * negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina | ||
| + | * spliceosoma e splicing | ||
| + | * UTR (Untranslated region) | ||
| + | * esoni ed introni | ||
| + | * robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido | ||
| + | * meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone | ||
| + | * gene | ||
| + | * genoma | ||
| + | * diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime) | ||
| + | * poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi) | ||
| + | * proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma | ||
| + | * se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte | ||
| + | * se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa | ||
| + | * la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati | ||
| + | * una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula | ||
| + | * la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili | ||
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| + | * com'è codificata l'informazione | ||
| + | * Basi dell'evoluzione delle specie, albero generazionale | ||
| + | * teoria della somiglianza | ||
| + | * browser genomico | ||
| + | * ricostruzione sequenza di frammenti: processi shotgun | ||
| + | * algoritmi di approssimazione | ||
| + | * esempio confronti di sequenze: parole di lingue diverse | ||
| + | * cenni di programmazione dinamica | ||
| + | * algoritmo di allineamento globale | ||
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| + | * [http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/cycseq.html sequenziazione DNA] | ||
| + | * [http://159.149.109.11/beacon/Didattica/bioinformatica/lec02.pdf Appunti sulla programmazione dinamica per allineare 2 sequenze] | ||
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| + | === Lezione di Lunedì 15-10-07 === | ||
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| + | * terminologia | ||
| + | * programmazione dinamica | ||
| + | * algoritmo di allineamento globale | ||
| + | * misura similarità | ||
| + | * algoritmo Smith/Waterman (massimizzazione similarità) | ||
| + | * algoritmo di allineamento locale | ||
| + | * esempi di allineamenti di amminoacidi | ||
| + | * matrici sostituzione di aminoacidi | ||
| + | * sequenziazione tramite sovrapponibilità dei blocchi | ||
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| + | === Lezione di Giovedì 18-10-07 === | ||
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| + | * gap allineamento | ||
| + | * allineamento locale con pattern matching | ||
Versione attuale delle 14:01, 18 ott 2007
Indice
Informazioni generali
Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.
Docenti
Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
Orari delle lezioni
- Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
- Giovedì 12.30 - 14.30 (effettivo: 12.30 - 14.00)
in auletta 5 (via Comelico).
Materiale Didattico
- scaricabile al link: materiale didattico
Lezione di Giovedì 04-10-07
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- Introduzione al corso e informazioni generali
- Breve storia della biologia molecolare
Lezione di Lunedì 8-10-07
- Introduzione alla biologia molecolare
- proteine
- amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
- nucleotidi o basi (A, T, C, G)
- purine e piramidine
- N terminale e C terminale
- peptidi
- legami 5-3 tra nucleotidi
- senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
- sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
- DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
- RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
- organismi procarioti ed eucarioti
- triplette, codoni e anticodoni
- polimerasi
- trascrizione
- mRNA (RNA messaggero)
- traduzione
- ribosoma
- sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
- sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
- tRNA (RNA di trasferimento)
- ORF (Open Reading Frame)
- metionina e fenilalanina
- legame peptidico tra amminoacidi
- corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
- negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
- spliceosoma e splicing
- UTR (Untranslated region)
- esoni ed introni
- robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
- meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
- gene
- genoma
- diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
- poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
- proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
- se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
- se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
- la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
- una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
- la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili
Lezione di Giovedì 11-10-07
- com'è codificata l'informazione
- Basi dell'evoluzione delle specie, albero generazionale
- teoria della somiglianza
- browser genomico
- ricostruzione sequenza di frammenti: processi shotgun
- algoritmi di approssimazione
- esempio confronti di sequenze: parole di lingue diverse
- cenni di programmazione dinamica
- algoritmo di allineamento globale
Lezione di Lunedì 15-10-07
- terminologia
- programmazione dinamica
- algoritmo di allineamento globale
- misura similarità
- algoritmo Smith/Waterman (massimizzazione similarità)
- algoritmo di allineamento locale
- esempi di allineamenti di amminoacidi
- matrici sostituzione di aminoacidi
- sequenziazione tramite sovrapponibilità dei blocchi
Lezione di Giovedì 18-10-07
- gap allineamento
- allineamento locale con pattern matching
