Differenze tra le versioni di "Bioinformatica/2005-2006"

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[[Categoria:Corsi 2005-2006]]
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== Informazioni generali ==
  
 
'''Bioinformatica''' è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.
 
'''Bioinformatica''' è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.
  
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Seguono alcune informazioni generali sul corso:
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=== Docenti ===
  
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'''Docenti''': Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
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Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
  
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=== Orari delle lezioni ===
  
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Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
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* Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
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* Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)
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Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: da stabilire)
 
  
 
in auletta 4 (via Comelico).
 
in auletta 4 (via Comelico).
  
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'''Orario di ricevimento dei docenti''':
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=== Orario di ricevimento studenti ===
  
 
Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it
 
Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it
  
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'''Sito del corso''':
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===Sito del corso ===
  
 
Alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/CorsoBioinformatica.htm] è disponibile il programma del corso.
 
Alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/CorsoBioinformatica.htm] è disponibile il programma del corso.
  
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'''Materiale didattico''': da stabilire
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=== Materiale didattico ===
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Pubblicato alle pagine [http://homes.dico.unimi.it/~pavesi/Bioinformatica/index.html] e [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html]
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=== Links utili ===
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'''Modalità d'esame''': l’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso.
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=== Modalità d'esame ===
  
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L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso.
 
La frequenza non è obbligatoria.
 
La frequenza non è obbligatoria.
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== Diario del corso ==
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=== Lezione di Lunedì 3-10-05 ===
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
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* Introduzione al corso e informazioni generali
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* Breve storia della biologia molecolare
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'''Avviso''': le lezioni di '''Lunedì 10''' e '''Giovedì 13''' sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [http://protesta.di.uniroma1.it/twiki/view]
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=== Lezione di Giovedì 6-10-05 ===
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
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* Introduzione alla biologia molecolare
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* proteine
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* amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
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* nucleotidi o basi (A, T, C, G)
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* purine e piramidine
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* N terminale e C terminale
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* peptidi
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* legami 5-3 tra nucleotidi
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* senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
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* sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
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* DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
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* RNA  (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
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* organismi procarioti ed eucarioti
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* triplette, codoni e anticodoni
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* polimerasi
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* trascrizione
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* mRNA (RNA messaggero)
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* traduzione
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* ribosoma
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* sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
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* sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
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* tRNA (RNA di trasferimento)
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* ORF (Open Reading Frame)
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* metionina e fenilalanina
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* legame peptidico tra amminoacidi
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* corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
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* negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
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* spliceosoma e splicing
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* UTR (Untranslated region)
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* esoni ed introni
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* robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
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* meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
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* gene
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* genoma
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* diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
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* proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
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* se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
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* se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
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* la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
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* una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
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* la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili
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Links utili comunicati a lezione: [http://www.wikipedia.org Wikipedia]
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'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
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* algoritmo di allineamento globale
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* algoritmo di allineamento locale
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* algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
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* esempi di allineamenti di amminoacidi
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* misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM
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'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
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* promotore di un gene
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** modello indipendente
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** modelli indipendenti di I e II ordine
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* enhancers e silencers
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* allineamento locale con pattern matching
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'''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.'''
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=== Lezione di Lunedì 14-11-05 ===
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* lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [http://genome.ucsc.edu/]
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=== Lezione di Giovedì 17-11-05 ===
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* RNA e struttura secondaria
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* RNA antisense
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* Stem, loop, hairpin
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* bulge, loop interno
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* algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi
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=== Lezione di Lunedì 21-11-05 ===
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''':
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* Ampia introduzione alla seconda parte del corso
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=== Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti ===
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Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html]

Versione attuale delle 09:25, 26 lug 2006


Informazioni generali

Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.

Docenti

Giorgio Valentini, Giulio Pavesi

Orari delle lezioni

  • Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
  • Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)

in auletta 4 (via Comelico).

Orario di ricevimento studenti

Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it

Sito del corso

Alla pagina [1] è disponibile il programma del corso.

Materiale didattico

Pubblicato alle pagine [2] e [3]

Links utili

Wikipedia

Modalità d'esame

L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso. La frequenza non è obbligatoria.

Diario del corso

Lezione di Lunedì 3-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione al corso e informazioni generali
  • Breve storia della biologia molecolare

Avviso: le lezioni di Lunedì 10 e Giovedì 13 sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [4]

Lezione di Giovedì 6-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Introduzione alla biologia molecolare
  • proteine
  • amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
  • nucleotidi o basi (A, T, C, G)
  • purine e piramidine
  • N terminale e C terminale
  • peptidi
  • legami 5-3 tra nucleotidi
  • senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
  • sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
  • DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
  • RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
  • organismi procarioti ed eucarioti
  • triplette, codoni e anticodoni
  • polimerasi
  • trascrizione
  • mRNA (RNA messaggero)
  • traduzione
  • ribosoma
  • sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
  • sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
  • tRNA (RNA di trasferimento)
  • ORF (Open Reading Frame)
  • metionina e fenilalanina
  • legame peptidico tra amminoacidi
  • corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
  • negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
  • spliceosoma e splicing
  • UTR (Untranslated region)
  • esoni ed introni
  • robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
  • meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
  • gene
  • genoma
  • diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
  • poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
  • proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
  • se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
  • la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
  • una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
  • la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili

Links utili comunicati a lezione: Wikipedia

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 20-10-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • algoritmo di allineamento globale
  • algoritmo di allineamento locale
  • algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
  • esempi di allineamenti di amminoacidi
  • misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Giovedì 3-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • fattore di trascrizione
  • sito di legame
  • promotore di un gene
  • probabilità di sequenza di 4 nucleotidi
    • modello indipendente
    • modelli indipendenti di I e II ordine
  • enhancers e silencers
  • allineamento locale con pattern matching

Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.

Lezione di Lunedì 14-11-05

  • lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [5]

Lezione di Giovedì 17-11-05

  • RNA e struttura secondaria
  • RNA antisense
  • Stem, loop, hairpin
  • bulge, loop interno
  • algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi

Lezione di Lunedì 21-11-05

Argomenti trattati nella lezione di oggi:

  • Ampia introduzione alla seconda parte del corso

Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti

Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [6]

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