Differenze tra le versioni di "Bioinformatica/2005-2006"
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| + | '''Bioinformatica''' è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica. | ||
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| − | + | Giorgio Valentini, Giulio Pavesi | |
=== Orari delle lezioni === | === Orari delle lezioni === | ||
| − | Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30) | + | * Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30) |
| − | + | * Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15) | |
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in auletta 4 (via Comelico). | in auletta 4 (via Comelico). | ||
| − | === Orario di ricevimento | + | === Orario di ricevimento studenti === |
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=== Materiale didattico === | === Materiale didattico === | ||
| − | + | Pubblicato alle pagine [http://homes.dico.unimi.it/~pavesi/Bioinformatica/index.html] e [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html] | |
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| + | === Links utili === | ||
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| + | [http://www.wikipedia.org/ Wikipedia] | ||
=== Modalità d'esame === | === Modalità d'esame === | ||
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'''Argomenti trattati nella lezione di oggi''': | '''Argomenti trattati nella lezione di oggi''': | ||
| − | + | * Introduzione al corso e informazioni generali | |
| + | * Breve storia della biologia molecolare | ||
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| + | '''Avviso''': le lezioni di '''Lunedì 10''' e '''Giovedì 13''' sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [http://protesta.di.uniroma1.it/twiki/view] | ||
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| + | * Introduzione alla biologia molecolare | ||
| + | * proteine | ||
| + | * amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale) | ||
| + | * nucleotidi o basi (A, T, C, G) | ||
| + | * purine e piramidine | ||
| + | * N terminale e C terminale | ||
| + | * peptidi | ||
| + | * legami 5-3 tra nucleotidi | ||
| + | * senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3') | ||
| + | * sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle) | ||
| + | * DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi) | ||
| + | * RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA) | ||
| + | * organismi procarioti ed eucarioti | ||
| + | * triplette, codoni e anticodoni | ||
| + | * polimerasi | ||
| + | * trascrizione | ||
| + | * mRNA (RNA messaggero) | ||
| + | * traduzione | ||
| + | * ribosoma | ||
| + | * sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start) | ||
| + | * sequenze di stop (TAA, TAG, TGA) | ||
| + | * tRNA (RNA di trasferimento) | ||
| + | * ORF (Open Reading Frame) | ||
| + | * metionina e fenilalanina | ||
| + | * legame peptidico tra amminoacidi | ||
| + | * corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi | ||
| + | * negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina | ||
| + | * spliceosoma e splicing | ||
| + | * UTR (Untranslated region) | ||
| + | * esoni ed introni | ||
| + | * robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido | ||
| + | * meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone | ||
| + | * gene | ||
| + | * genoma | ||
| + | * diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime) | ||
| + | * poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi) | ||
| + | * proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma | ||
| + | * se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte | ||
| + | * se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa | ||
| + | * la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati | ||
| + | * una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula | ||
| + | * la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili | ||
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| + | * algoritmo di allineamento globale | ||
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| + | * esempi di allineamenti di amminoacidi | ||
| + | * misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM | ||
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| + | * fattore di trascrizione | ||
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| + | * promotore di un gene | ||
| + | * probabilità di sequenza di 4 nucleotidi | ||
| + | ** modello indipendente | ||
| + | ** modelli indipendenti di I e II ordine | ||
| + | * enhancers e silencers | ||
| + | * allineamento locale con pattern matching | ||
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| + | '''Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.''' | ||
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| + | === Lezione di Lunedì 14-11-05 === | ||
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| + | * lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [http://genome.ucsc.edu/] | ||
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| + | === Lezione di Giovedì 17-11-05 === | ||
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| + | * RNA e struttura secondaria | ||
| + | * RNA antisense | ||
| + | * Stem, loop, hairpin | ||
| + | * bulge, loop interno | ||
| + | * algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi | ||
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| + | === Lezione di Lunedì 21-11-05 === | ||
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| + | '''Argomenti trattati nella lezione di oggi''': | ||
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| + | * Ampia introduzione alla seconda parte del corso | ||
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| + | === Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti === | ||
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| + | Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [http://homes.dsi.unimi.it/~valenti/Bioinformatica-MaterialeDidattico.html] | ||
Versione attuale delle 09:25, 26 lug 2006
Informazioni generali
Bioinformatica è un corso complementare per la laurea magistrale in Informatica.
Docenti
Giorgio Valentini, Giulio Pavesi
Orari delle lezioni
- Lunedì 9.30 - 11.30 (effettivo: 10.00 - 11.30)
- Giovedì 15.30 - 17.30 (effettivo: 15.45 - 17.15)
in auletta 4 (via Comelico).
Orario di ricevimento studenti
Non pubblicato, scrivere a valentini@dsi.unimi.it e pavesi@dico.unimi.it
Sito del corso
Alla pagina [1] è disponibile il programma del corso.
Materiale didattico
Pubblicato alle pagine [2] e [3]
Links utili
Modalità d'esame
L’esame consisterà nell’approfondimento, teorico o applicativo, di uno degli argomenti trattati nel corso. La frequenza non è obbligatoria.
Diario del corso
Lezione di Lunedì 3-10-05
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- Introduzione al corso e informazioni generali
- Breve storia della biologia molecolare
Avviso: le lezioni di Lunedì 10 e Giovedì 13 sono sospese per sciopero contro il DDL Moratti [4]
Lezione di Giovedì 6-10-05
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- Introduzione alla biologia molecolare
- proteine
- amminoacidi (gruppo carbossidrico, carbonio alfa, catena laterale)
- nucleotidi o basi (A, T, C, G)
- purine e piramidine
- N terminale e C terminale
- peptidi
- legami 5-3 tra nucleotidi
- senso di lettura di una catena di nucleotidi (5' => 3')
- sequenza in discesa (nucleotide a monte o a valle)
- DNA (doppia elica, coppie fisse di nucleotidi)
- RNA (un atomo di ossigeno in più rispetto a DNA)
- organismi procarioti ed eucarioti
- triplette, codoni e anticodoni
- polimerasi
- trascrizione
- mRNA (RNA messaggero)
- traduzione
- ribosoma
- sequenza ATG (o, più correttamente, AUG di start)
- sequenze di stop (TAA, TAG, TGA)
- tRNA (RNA di trasferimento)
- ORF (Open Reading Frame)
- metionina e fenilalanina
- legame peptidico tra amminoacidi
- corrispondenza univoca tra codoni, anticodoni e amminoacidi
- negli eucarioti, protezione del filamento tra la fase di trascrizione (nel nucleo) e traduzione (fuori): Guanina e Adenina
- spliceosoma e splicing
- UTR (Untranslated region)
- esoni ed introni
- robustezza del codice alla sostituzione: cambiano l'ultimo nucleotide della tripletta, viene codificato lo stesso amminoacido
- meccanismo di controllo della correttezza dello splicing: cellula cerca tripletta di stop nell'ultimo esone
- gene
- genoma
- diploidi (organismo con due coppie di cromosomi con differenze minime)
- poliploidi (organismo con più coppie di cromosomi)
- proteine isoforme: stesso gene può codificare più proteine in base al taglio eseguito dallo spliceosoma
- se lo spliceosoma taglia un esone interno multiplo di 3, la proterina codificata è la stessa ma priva di una parte
- se lo spliceosoma taglia un esone interno non multiplo di 3, la proterina codificata è totalmente diversa
- la proteina codificata dipende quindi sia dal gene che dagli esoni utilizzati
- una sequenza di amminoacidi si dispone in una determinata struttura all'interno della cellula
- la sequenza di amminoacidi determina la struttura, la struttura determina la funzione della proterina => sequenze simili hanno funzioni simili
Links utili comunicati a lezione: Wikipedia
Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.
Lezione di Giovedì 20-10-05
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- algoritmo di allineamento globale
- algoritmo di allineamento locale
- algoritmi Needleman/Wunsh e Smith/Waterman
- esempi di allineamenti di amminoacidi
- misure di similarità di amminoacidi: PAM e BLOSUM
Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.
Lezione di Giovedì 3-11-05
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- fattore di trascrizione
- sito di legame
- promotore di un gene
- probabilità di sequenza di 4 nucleotidi
- modello indipendente
- modelli indipendenti di I e II ordine
- enhancers e silencers
- allineamento locale con pattern matching
Possibile che manchino gli argomenti di una lezione, chi l'ha seguita li aggiunga.
Lezione di Lunedì 14-11-05
- lezione di laboratorio per conoscere ed imparare ad utilizzare il browser genomico disponibile all'indirizzo [5]
Lezione di Giovedì 17-11-05
- RNA e struttura secondaria
- RNA antisense
- Stem, loop, hairpin
- bulge, loop interno
- algoritmi di calcolo di tutte le possibili strutture data una sequenza di n basi
Lezione di Lunedì 21-11-05
Argomenti trattati nella lezione di oggi:
- Ampia introduzione alla seconda parte del corso
Lezione di Giovedì 24-11-05 e seguenti
Per gli argomenti trattati, fare riferimento al diario del corso tenuto dal docente alla pagina [6]
